Am 24. Juni 2006 fand in Ravensburg die offizielle Gründung des Interessenverbandes Südbahn statt. In der Kooperationsvereinbarung haben sich die Kooperationspartner verpflichtet „... über gemeinsame Projekte und Maßnahmen den kompletten Ausbau der Südbahn gemäß der Internationalen Studie („Südbahn mit Vbk“ = vollständige Elektrifizierung, zweigleisiger Ausbau zwischen Friedrichshafen und Lindau, Ausbau auf 160 km/h, Bau der Verbindungskurve Friedrichshafen) als „Rückgrat“ der Region und als ergänzende Zulaufstrecke zur NEAT koordiniert voranzutreiben und gegenüber den Entscheidungsträgern vereint zu artikulieren.“
Der Interessenverband ist sich einig, dass die Streckenelektrifizierung und Bahnstromversorgung zwischen Ulm und Lindau einschließlich der erforderlichen Maßnahmen zur Ertüchtigung der Strecke Ulm-Friedrichshafen für Geschwindigkeiten bis 160 km/h vorrangig zu entwickeln ist.
Die Mitglieder des Interessenverbandes sind die Städte und Gemeinden entlang der Strecke, die Landkreise Alb-Donau-Kreis, Bodenseekreis, Biberach, Lindau und Ravensburg, die Industrie- und Handelskammern Ulm und Bodensee-Oberschwaben sowie die beiden Regionalverbände Donau-Iller und Bodensee-Oberschwaben. Im Vorstand sitzt als „Vorstandssprecher“ Lothar Wölfle, Landrat des Bodenseekreises und Friedrich Kolesch, Vizepräsident IHK Ulm. Die Geschäftsführung liegt beim Regionalverband Bodensee-Oberschwaben.
Der Ausbau und die Elektrifizierung der Südbahn ist in mehreren Baustufen im aktuellem Bundesverkehrswegeplan (BVWP) 2003 und im Bedarfsplan für die Bundesschienenwege nach dem Bundesschienenwegeausbaugesetz (BSchwAG) berücksichtigt. Zum einen im „Vordringlichen Bedarf“ (Laufende und fest disponierte Vorhaben) mit „Begegnungsabschnitten“ und Kosten von 51 Mio. € und als „Internationales Projekt“ mit mehreren Maßnahmen (Elektrifizierung Ulm-Friedrichshafen-Lindau, durchgängiger zweigleisiger Ausbau Friedrichshafen-Lindau, Ertüchtigung auf 160 km/h zwischen Ulm und Friedrichshafen, Neubau Verbindungskurve Friedrichshafen) und Kosten von 216 Mio. €.
Mitte 2006 hat der Bund die Ergebnisse der Internationale Studie „Bewertung von Investitionen zum Ausbau deutscher Eisenbahnstrecken im Zulauf zur NEAT“ bekannt gegeben (Internationale Studie). Im Rahmen dieser Studie wurden betriebliche Fragestellungen sowie der Investitionsbedarf und die Wirtschaftlichkeit der drei südgehenden Strecken Stuttgart-Singen-Zürich („Gäubahn“), Ulm-Friedrichshafen-Lindau („Südbahn“) sowie München-Memmingen-Lindau („Allgäubahn“) untersucht. Demnach hat die Südbahn mit einem Nutzen-Kosten-Verhältnis von bis zu 2,4 ein außergewöhnlich gutes Ergebnis erzielt, was bestätigt, dass der Ausbau volkswirtschaftlich sinnvoll ist. Durch die Tatsache, dass der zu erwartende Nutzen des Ausbaus der Südbahn mehr als doppelt so hoch liegt wie die entsprechenden Kosten, hat die Strecke die Voraussetzung erfüllt, um wie ein Projekt des „Vordringlichen Bedarfes“ nach dem Bundesverkehrswegplan behandelt zu werden.Anfang 2008 hat der Interessessenverband Südbahn eine Finanzierungsvereinbarung mit der Bahn unterschrieben. Der Interessenverband finanzierte die Vorplanung zur Elektrifizierung in Höhe von rund 1,24 Mio. € vor. Die Vorplanung wurde wie geplant Ende des Jahres 2009 abgeschlossen und das Vorplanungsheft an den Interessenverband Südbahn übergeben. Ebenfalls Ende 2009 wurde eine Finanzierungsvereinbarung zwischen dem Land und der DB Netz AG über die Leistungsphasen 3 und 4 (Entwurfs- und Genehmigungsplanung = Baurecht) abgeschlossen. Die Kosten hierfür wurden auf ca. 8 Mio. € geschätzt. Bezüglich der Finanzierung der gesamten Baukosten für die Streckenelektrifizierung und Bahnstromversorgung, die auf ca. 222,5 Mio. € geschätzt werden (Stand Dez. 2015), hat sich das Land bereit erklärt, 50% der Kosten zu übernehmen. 50% der Kosten müsste der Bund übernehmen, wobei ein Teil der Mittel (3 Mio. €) bereits im Investitionsrahmenplan 2006-2010 (Fünfjahresplan) des Bundes eingestellt sind. Per Kabinettsbeschluss hat die Landesregierung am 15. Dezember 2015 beschlossen, sich an den Kosten der Elektrifizierung hälftig mit maximal 112,5 Mio. € zu beteiligen. Eine gemeinsame Finanzierungsvereinbarung zwischen dem Land, dem Bund und der DB AG soll noch 2015 unterzeichnet werden.
Seit Ende Oktober 2015 hat die Südbahn Baurecht. Das Eisenbahn-Bundesamt (EBA) hat für alle fünf Planfeststellungsabschnitte die entsprechenden Beschlüsse erteilt. Mit dem Baubeginn wird 2018 gerechnet, die Inbetriebnahme der elektrifizierten Südbahn ist für Ende 2021 geplant.